Od nejstarších dob se školní výuky mikulovickým dětem dostávalo soukromým vyučováním.K vyučování sloužily jak světnice v soukromých domech, tak i místnosti v panském dvoře. Ten stával v centru obce,především v místech,kde je v současnosti Slezský kámen a.s.
V roce 1810 byla postavena jednopodlažní budova, která měla sloužit jako škola a současně i byt pro učitele. Pozemek pro školu byl odkoupen od tehdejšího majitele Kryštofa Ludvíka v rozsahu 1.jitro 708 sáhů za 80 zlatých. Dnes je tato původní stavba několikrát rekonstruována a slouží i nadále coby tzv."malá budova" stále školním účelům.
Tato první obecní škola byla postavena za přispění vratislavského biskupa knížete Hohenlohe. Budova s původním vchodem směrem ke kostelu obsahovala 1 učebnu,1 byt pro učitele a 1 kancelář pro obecní úřadování. Škola měla charakter školy farní pod patronátem vratislavského biskupa a patřila k vidnavskému školnímu obvodu. Prvním řídícím učitelem byl rektor Bartsch v letech 1810 -1832.
Roku 1848 byla školní budova zvětšena prodloužením podél silnice směrem na Polsko. Patro bylo ke škole přistavěno v r.1872.Takže zde byly už 4 učebny,3 byty pro učitele a jedna obecní kancelář. Přístavbu prováděl stavitel Jan Gröger z Frývaldova nákladem 8.000 zlatých.
V roce 1901 se započalo se stavbou nové (dnešní tzv."hlavní" )školní budovy na pozemku vedle staré školy, která již byla nedostačující. Stavební pozemek byl tehdy školní zahradou. Nová škola měla mít pouze učebny, učitelské byty byly umístěny ve staré škole.
Před zimou 1901 byla budova pod střechou a r.1902 byla stavba dokončena. Učebny a chodby jsou vysoké, byl zde zaveden vodovod, splachovací záchody a ústřední vytápění. Byly zde prakticky veškeré vymoženosti té doby.Podle úsudku všech byla stavba takové školy pýchou a ozdobou obce i kraje.Stavěl ji Eduard Zelenka z Frývaldova a vyučování bylo ve škole započato 29.zář 1902.
Ve školním roce 1921 - 1922 je obecní škola rozšířena o školu měšťanskou. Do roku 1924 byla škola rozšířena o levý boční trakt.
Za válečných let 1939 - 1945 sloužila v r.1944 škola jako vojenský lazaret a později se stala dočasným útočištěm pro německé válečné běžence.
Po osvobození v květnu 1945 nebyly obě německé školy ( obecní i měšťanská ) otevřeny. Slavnostního otevření se česká obecná i měšťanská škola dočkala 17.září 1945.Prvním poválečným ředitelem byl Alois Chrastina.Ten zde působil do roku 1950,kdy jej vystřídala Jiřina Oppová.Od školního roku 1955 - 56 byl až do r.1962 ředitelem školy Oldřich Hůla. Od tohoto roku stál celých 14 let v čele školy Milan Ostrý. V tuto dobu dochází také k propojení obou hlavních částí školy tzv.spojovacím krčkem,který slouží jako šatny. V letech 1976-1979 byla nakrátko ředitelkou školy dcera prvního poválečného ředitele Aloise Chrastiny , Eva Vymazalová. Ta je vystřídána Zdeňkou Záluskou. Za jejího vedení školy byla r.1981 k levému bočnímu traktu dokončena přístavba školní jídelny.
V období let 1991-1995 byl ředitelem ZŠ Mikulovice Vladimír Hradil, kterého po konkurzním řízení na podzim r.1995 vystřídal Petr Procházka. Za jeho éry se mikulovická škola stala školou s rozšířenou sportovní výukou – vždy jedna třída na II.stupni byla více zaměřena na sport – chlapci trénovali fotbal, děvčata košíkovou. Od roku 2003 je ředitelem Roman Šťastný.
K nejvýznamnějším změnám, které škola v posledním desetiletí zaznamenala, patřila výstavba obecních bytů ve formě půdních vestaveb, připojení na obecní kanalizaci, rekonstrukce tělocvičny a školního kluziště, výstavba víceúčelového sportoviště a atletické dráhy s umělým povrchem, zateplení budov a rekonstrukce fasády, výměna oken a rekonstrukce a zvýšení kapacity školní kuchyně. Ve škole byla vybudována počítačová a multifunkční učebna. Škola obnovila partnerskou spolupráci s Polskem a navázala novou s Německem. Ve škole působí celá řada zájmových kroužků a pro žáky je každoročně pořádán lyžařský výcvik a letní cykloturistický tábor.